1、網絡自身有局限性。在這一模式上，只有依靠網站的制作和網頁設計家對網頁把握更加好的模式，向消費者展示商品。

2、交易的安全性得不到保障。電子商務的安全問題仍然是影響電子商務發展的主要因素。由于Internet的迅速流行，電子商務引起了廣泛的注意，被公認為是未來IT業最有潛力的新的增長點。然而，在開放的網絡上處理交易，如何保證傳輸數據的安全成為電子商務能否普及的最重要的因素之一。調查公司曾對電子商務的應用前景進行過在線調查，當問到為什么不愿意在線購物時，絕大多數的人的問題是擔心遭到黑客的侵襲而導致信用卡信息丟失。因此，有一部分人或企業因擔心安全問題而不愿使用電子商務，安全成為電子商務發展中最大的障礙。

電子商務的安全問題其實也是人與人之間的誠信問題，和現實商業貿易相識，均需雙方的共同協作和努力。電子商務的未來，需要所有網民的共同協作。

3、稅務問題。稅務(包括關稅和稅收)是一個國家重要的財政來源。由于電子商務的交易活動是在沒有固定場所的國際信息網絡環境下進行，造成國家難以控制和收取電商務的稅金。

4、標準問題。各國的國情不同，電子商務的交易方式和手段當然也存在某些差異，而且我們要面對無國界、全球性的貿易活動，因此需要在電子商務交易活動中建立相關的、統一的國際性標準，以解決電子商務活動的互操作問題。中國電子商務目前的問題是概念不清，搞電子的搞商務，搞商務的搞電子，呈現一種離散、無序、局部的狀態。

5、配送問題。配送是讓商家和消費者都很傷腦筋的問題。網上消費者經常遇到交貨延遲的現象，而且配送的費用很高。業內人士指出，我國國內缺乏系統化、專業化、全國性的貨物配送企業，配送銷售組織沒有形成一套高效、完備的配送管理系統，這毫無疑問地影響了人們的購物熱情。

6、知識產權問題。在由電子商務引起的法律問題中，保護知識產權問題又首當其沖。由于計算機網絡上承載的是數字化形式的信息，因而在知識產權領域(專利、商標、版權和商業秘密等)中，版權保護的問題尤為突出。

7、電子合同的法律問題。在電子商務中，傳統商務交易中所采取的書面合同已經不適用了。一方面，電子合同存在容易編造、難以證明其真實性和有效性的問題;另一方面，現有的法律尚未對電子合同的數字化印章和簽名的法律效力進行規范。

8、電子證據的認定。信息網絡中的信息具有不穩定性或易變性，這就造成了信息網絡發生侵權行為時，鎖定侵權證據或者獲取侵權證據難度極大，對解決侵權糾紛帶來了較大的障礙。如何保證在網絡環境下信息的穩定性、真實性和有效性，是有效解決電子商務中侵權糾紛的重要因素。

9、其他細節問題。最后就是一些不規范的細節問題，例如目前網上商品價格參差不齊，主要成交類別商品價格最大相差40%;網上商店服務的地域差異大;在線購物發票問題大;網上商店對定單回應速度參差不齊;電子商務方面的法律，對參與交易的各方面的權利和義務還沒有進行明確細致的規定。